La philosophie de Peirce devient la plus intelligible lorsqu'on comprend que le pragmatisme n'était que la crête visible d'une vague beaucoup plus large. Derrière la maxime se cache une théorie des signes, une logique de l'enquête, une métaphysique de la continuité et du hasard, ainsi qu'une conception du soi comme quelque chose de ni atomique ni souverain. Il n'a pas proposé une doctrine unique, mais plutôt une grammaire pour un univers en évolution. C'est une des raisons pour lesquelles il reste difficile : chaque partie du système s'appuie sur chaque autre partie.
Sa sémiotique, ou doctrine des signes, est centrale. Un signe, pour Peirce, n'est pas simplement un mot. C'est tout ce qui représente quelque chose pour quelqu'un dans un certain respect. Il distingue entre icône, index et symbole. Une icône signifie par ressemblance : un portrait, un diagramme, une carte. Un index signifie par connexion factuelle : la fumée pour le feu, un coup à la porte pour quelqu'un à l'extérieur, une empreinte pour un marcheur. Un symbole signifie par règle ou convention : des mots dans une langue, une notation mathématique, des emblèmes juridiques. Ces distinctions ne sont pas de la comptabilité. Elles montrent que la pensée elle-même est médiée, stratifiée et publique. Penser, c'est déjà se déplacer parmi des signes.
Une illustration concrète est une carte météorologique. Ses formes colorées sont iconiques, car leurs relations ressemblent à des motifs météorologiques ; ses flèches et coordonnées sont symboliques, car elles dépendent de systèmes conventionnels ; la lecture barométrique à une station est indexicale, car elle est physiquement connectée aux conditions atmosphériques. La carte fonctionne uniquement parce que ces différents types de signes coopèrent. L'insight surprenant de Peirce était que l'enquête a partout ce caractère mixte. Il n'y a pas de pure immédiateté. Même la perception, dans son compte mature, est enchevêtrée avec l'interprétation.
Cette vision sémiotique se relie à sa logique d'abduction, de déduction et d'induction. L'abduction est le saut imaginatif qui propose une explication possible ; la déduction trace ce qui suivrait si c'était vrai ; l'induction teste ces conséquences par rapport à l'expérience. Peirce pensait que l'enquête scientifique avance non seulement par preuve linéaire, mais par ce mouvement triadique. Un détective remarquant des empreintes boueuses, un médecin considérant des symptômes, un géologue inférant des strates anciennes—tous s'engagent dans l'abduction avant d'atteindre la démonstration. Le monde ne livre pas des hypothèses ; il les provoque.
Un autre élément du système est sa doctrine des catégories : Première, Deuxième et Troisième. La Première nomme la qualité ou la possibilité telle qu'elle est immédiatement ressentie ; la Deuxième nomme le fait brut, la résistance, la collision, ce qui se passe maintenant ; la Troisième nomme la médiation, la loi, l'habitude et la généralité. Ces catégories sont destinées à décrire non seulement la vie mentale mais la structure de l'expérience en tant que telle. Une teinte rouge en tant que telle appartient à la Première ; frapper une porte et sentir sa dureté appartient à la Deuxième ; une règle de circulation ou une norme grammaticale appartient à la Troisième. L'idée est audacieuse car elle fait de la médiation une caractéristique ontologique fondamentale, et non une simple réflexion secondaire.
Considérons une partie d'échecs. Les pièces sont des objets en bois, mais leur signification dépend de règles qui constituent un système de Troisième. Un fou n'est pas défini par son matériau mais par son rôle dans un ordre conventionnel. Pourtant, le jeu a aussi une Deuxième : la résistance de l'adversaire, la perte soudaine d'une reine, le fait inéluctable qu'un coup a des conséquences. Et la Première apparaît dans la sensation d'une combinaison éblouissante, la qualité pure d'une position avant qu'elle ne soit nommée. Les catégories de Peirce lui permettent de décrire comment les règles générales, les faits bruts et l'immédiateté qualitative s'interpénètrent.
De là, sa métaphysique se déploie dans une direction que la plupart des philosophes qualifieraient d'inhabituelle. Il a défendu le synechisme, la doctrine de la continuité, contre toute philosophie qui découpe la réalité en atomes isolés. Il a également soutenu le tychisme, l'affirmation que le hasard est réel aux racines de la nature. Ensemble, ils ouvrent la voie à un univers pas entièrement prédéterminé, un dans lequel l'habitude émerge de la spontanéité et la loi émerge de la tendance. Ce n'était pas une spéculation occasionnelle. C'était la manière de Peirce de donner sens à l'évolution, à la croissance et à l'apparente plasticité de la nature.
L'implication éthique et épistémologique est frappante. Si la réalité est dynamique et l'enquête faillible, alors la certitude n'est jamais une possession privée. La communauté des enquêteurs compte parce que la vérité est ce qui serait établi à long terme par une enquête communautaire, et non par une intuition isolée. Il parle parfois de la "communauté d'enquête", une phrase qui est devenue centrale dans la philosophie pragmatiste. L'idéal n'est pas le consensus par pression, mais la convergence par des tests ouverts.
Un exemple vivant du système en action apparaît dans l'instrumentation scientifique. Le microscope n'ajoute pas simplement de la magnification ; il change le champ des signes à travers lequel les objets deviennent lisibles. Une lame colorée, une marque de calibration, une lecture de mesure—tout cela appartient à un réseau sémiotique qui rend l'invisible inférable. L'objectivité scientifique, selon Peirce, n'est donc pas l'élimination des signes mais leur coordination disciplinée. C'est une pensée étonnamment moderne.
Et pourtant, le système va aussi au-delà de la science. En éthique, les habitudes ne sont pas des routines brutes mais des modes de conduite généraux ouverts à la critique et à la révision. En métaphysique, l'univers est intelligible parce que la légalité elle-même peut être une tendance semblable à une habitude plutôt qu'un plan statique. En théologie, Peirce fait parfois allusion à une cosmologie où la raison et la croissance ne sont pas des intrusions accidentelles dans la matière. La portée est immense. À présent, le lecteur peut voir pourquoi Peirce était difficile pour ses contemporains : il ne construisait pas une doctrine qui s'intégrait parfaitement dans une seule étagère. Il construisait une philosophie dont la portée complète ne devient visible que lorsqu'on se demande ce qui pourrait éventuellement mal tourner avec elle.