Une fois que le cogito a été considéré comme une fondation, la critique est devenue inévitable. Ce qui avait commencé en 1637 dans le Discours de la méthode et avait ensuite pris sa forme canonique dans les Méditations métaphysiques de 1641 n'était pas simplement une ligne de prose philosophique, mais une affirmation sur le point de départ de la certitude. Dans les Méditations, Descartes place le sujet pensant seul avec le doute, dépouillant les sens, le corps et le monde extérieur afin d'atteindre quelque chose qui ne peut être mis en doute. Le résultat est célèbre parce qu'il est si austère : si même le doute radical ne peut effacer le fait de penser, alors il y a au moins une chose qui survit à l'épave. Mais cette austérité même rendait l'argument vulnérable. Une fois pris comme fondation, il invitait à l'examen à tous les niveaux — logique, métaphysique et psychologique.
La première objection est familière : la phrase prouve-t-elle quoi que ce soit, ou n'exprime-t-elle qu'une intuition ? Les critiques ont longtemps remarqué que le passage de « il y a de la pensée » à « j'existe » peut déjà supposer le moi qu'il est censé établir. Si l'argument est inférentiel, il semble faire un cercle vicieux ; s'il n'est pas inférentiel, alors peut-être n'est-ce pas une preuve au sens strict. Cette ambiguïté a occupé les commentateurs pendant des siècles. La question est importante car Descartes n'offrait pas une remarque casual, mais une pierre angulaire méthodologique. Dans l'architecture des Méditations, le cogito apparaît après la démolition de la certitude sensorielle et avant la reconstruction de la connaissance. S'il échoue en tant que preuve, toute la séquence devient moins sûre. Les enjeux ne sont pas simplement académiques ; ils concernent la question de savoir si la philosophie moderne commence réellement par une démonstration ou seulement par un acte frappant de conscience de soi.
Une seconde critique est venue d'une source de scepticisme voisine : la tradition associée à Pierre Gassendi. Dans ses objections aux Méditations, Gassendi a soulevé l'inquiétude que le « je » de Descartes puisse être plus mince qu'il ne le laisse entendre. Peut-être que tout ce qui est établi, c'est qu'une pensée se produit, et non qu'un soi substantiel, distinct du corps, a été démontré. Le point est subtil mais dommageable. Le cogito peut garantir l'occurrence sans garantir l'ontologie. Il peut nous dire que la pensée se produit, mais pas encore quel type de chose pense. Cette distinction était importante car Descartes travaillait à établir non seulement la certitude mais aussi une métaphysique dualiste, celle qui séparerait l'esprit de la matière. Le défi de Gassendi a donc frappé à une couture très spécifique dans le projet cartésien : il n'avait pas besoin de nier la pensée, seulement de nier que la pensée produit automatiquement une âme métaphysique.
Thomas Hobbes a poussé dans une direction connexe. Si tout ce que nous avons ce sont des actes de pensée, pourquoi conclure que le penseur est une substance immatérielle ? Le matérialisme de Hobbes considérait l'activité mentale comme indissociable des processus corporels, et résistait ainsi au dualisme tranchant de Descartes. Le défi n'est pas simplement technique. Si la pensée peut être expliquée comme la fonction d'un corps, alors le cogito ne pointe plus vers un domaine radicalement distinct de la matière. Il devient compatible avec une image très différente des êtres humains de celle que Descartes avait l'intention de transmettre. Ici, la tension n'est pas abstraite. Descartes écrivait dans un monde intellectuel du XVIIe siècle dans lequel la nature du corps, du mouvement et de l'âme était contestée à travers la philosophie, la théologie et la nouvelle science. Le cogito pouvait être lu comme une victoire sur le scepticisme, mais il pouvait aussi devenir un champ de bataille sur la question de savoir si l'esprit a un statut indépendant.
Il existe également une tension interne dans le projet cartésien plus large. Le cogito est censé fournir une certitude avant toute preuve de Dieu, pourtant Descartes s'appuie ensuite sur Dieu pour garantir la fiabilité des perceptions claires et distinctes. Cela a généré la célèbre accusation de circularité : si les idées claires et distinctes sont dignes de confiance uniquement parce que Dieu n'est pas un trompeur, mais que l'existence de Dieu est établie par des idées claires et distinctes, alors la structure semble tourner en rond. L'accusation du « cercle cartésien » n'a pas été universellement acceptée dans la recherche, mais elle reste l'une des pressions les plus sérieuses sur le système. C'est une pression qui va au cœur de la méthode. Descartes veut un point de départ indubitable, mais il veut aussi un pont de ce point de départ vers les mathématiques, la physique et la métaphysique. Si le pont dépend de ce qu'il est censé soutenir, l'ensemble de l'édifice devient plus difficile à défendre.
Le défi le plus célèbre ultérieur vient de David Hume, qui a attaqué l'idée d'un soi persistant. Lorsque nous regardons à l'intérieur, a soutenu Hume, nous ne trouvons pas un ego substantiel mais un ensemble de perceptions éphémères. Cette critique ne réfute pas directement le cogito, car Descartes a seulement besoin de l'existence d'un penseur dans l'acte de penser. Mais elle sape toute tentation d'inflater ce moment en une substance métaphysique durable. Ce que le cogito certifie peut être un événement passager plutôt qu'un noyau permanent. La signification de la critique de Hume réside dans la manière dont elle réduit la portée de ce que l'introspection peut honnêtement livrer. Le soi, selon cette vue, n'est pas une chose découverte cachée sous les apparences ; c'est ce qui reste après que l'esprit a été examiné suffisamment près pour montrer qu'il n'y a pas d'objet intérieur stable là du tout.
Kant a de nouveau changé le terrain. Il a accepté que le « je pense » doit pouvoir accompagner l'expérience, mais a nié que cela donne connaissance d'une âme en tant que chose en soi. L'« unité transcendantale de l'apperception » sécurise la condition formelle de l'expérience, pas une substance cartésienne. Ici, la surprise est que le cogito survit, mais dans un registre transformé : il devient une caractéristique structurelle de la conscience plutôt qu'une découverte métaphysique sur l'être intérieur. L'intervention de Kant est importante car elle préserve la nécessité de l'unité à la première personne tout en niant que l'introspection puisse livrer l'ancienne image rationaliste de l'âme. Le « je » reste indispensable, mais il n'est plus la substance transparente et auto-fondante que la philosophie moderne avait parfois imaginée.
Il existe également des défis provenant de la phénoménologie et de la philosophie analytique ultérieure. Certains philosophes soutiennent que le cogito privilégie un sujet détaché et observateur et néglige l'incarnation, le langage et les conditions sociales de la pensée. D'autres notent que la certitude à la première personne de la pensée peut ne pas soutenir l'ensemble du programme cartésien du fondationnalisme radical. Nous pouvons être certains que nous pensons sans être capables de reconstruire le reste de la connaissance à partir de ce fait seul. C'est là que la tension pratique émerge. Le cogito peut fonctionner magnifiquement comme un moment d'arrêt philosophique — un instant où le doute s'arrête — mais un système de connaissance nécessite plus qu'un seul point sûr. Il a besoin de critères, de méthodes et de normes de connexion. Le cogito fournit un départ, mais pas l'ensemble de l'itinéraire.
La tension la plus profonde est peut-être celle-ci : le cogito est le plus fort lorsqu'il est le moins ambitieux. Dès qu'il est chargé de tout le poids de l'épistémologie moderne, il commence à se tendre. La certitude qui survit au doute peut être indéniable, mais le pont de cette certitude à une philosophie complète est beaucoup moins sûr. Le génie de Descartes réside dans la découverte d'un point d'invulnérabilité ; sa vulnérabilité réside dans le fait de demander à ce point de faire trop. Le test final, alors, n'est pas de savoir si le cogito peut survivre à la critique — il peut — mais ce qui survit une fois que la critique a fait son œuvre. En ce sens, le cogito reste historiquement décisif non pas parce qu'il a mis fin au scepticisme, mais parce qu'il a rendu le scepticisme productif, forçant la philosophie à définir ce qui, exactement, peut être connu lorsque tout le reste est placé sous suspicion.