La première et la plus sérieuse objection à Démocrite vient du problème même de l'explication. Si les atomes ne diffèrent que par leur forme, leur taille, leur arrangement et leur position, comment rendre compte de la richesse apparente du monde ? Pourquoi la douceur devrait-elle surgir de cette configuration plutôt que d'une autre ? La réponse atomiste est élégante mais aussi austère : les qualités ne sont pas dans les atomes mais dans le composé et dans notre relation à celui-ci. Les critiques pouvaient—et ont effectivement—entendu cela comme une dévalorisation plutôt qu'une explication. Cela risque de transformer le monde vécu en une sorte de jeu d'ombres.
Platon offre la résistance philosophique la plus célèbre, bien qu'il engage rarement Démocrite de front en le nommant. Dans des dialogues tels que le Timée, il élève l'ordre mathématique, l'âme et le but au-dessus de la collision aveugle. Le monde, selon Platon, n'est pas seulement le sous-produit aléatoire du mouvement matériel ; il est intelligible parce qu'il est structuré par des principes rationnels. En opposition à cela, l'atomisme peut sembler trop simpliste. Il explique trop en expliquant trop peu : pas d'artisan, pas de dessein divin, pas de cause finale, seulement nécessité et collision.
Aristote a affûté la critique. Dans la Physique et De la Céleste, il a attaqué la possibilité du vide et a nié que le mouvement puisse être compris comme des atomes se déplaçant dans l'espace vide. Pour lui, le lieu, la continuité et le mouvement naturel sont indispensables. Un corps ne dérive pas simplement parce qu'il y a du vide ; il se déplace selon sa nature vers sa région propre. C'est un défi profond, car l'univers d'Aristote préservait la téléologie du bon sens tout en critiquant le fossé même dont Démocrite avait besoin. Si le vide est impossible, l'édifice atomiste perd son principal soutien.
Une seconde tension réside dans le propre compte de l'atomisme sur la connaissance. Démocrite veut se méfier des sens parce qu'ils présentent les qualités comme si elles étaient intrinsèques. Mais si toutes les preuves passent par les sens, alors l'inférence aux atomes doit s'appuyer sur ce que les sens ne peuvent pas rapporter directement. La théorie semble saper les mêmes pouvoirs qui y mènent. Un sceptique ultérieur pourrait se demander si l'atomisme est plus qu'une reconstruction astucieuse des apparences. C'est le vieux problème des non-observables, rendu aigu dans un monde sans microscopes.
Considérons un exemple concret : lorsque le sel se dissout dans l'eau, les granules visibles disparaissent. L'atomiste dit que les particules sont toujours là, simplement dispersées. Cela peut sembler satisfaisant, mais cela révèle aussi la dépendance de la théorie à un raisonnement analogique. Nous ne voyons pas les atomes ; nous les inférons à partir de motifs de persistance et de changement. La force de l'inférence est aussi sa faiblesse : parce qu'elle va au-delà de l'observation, elle ne peut jamais être pleinement stabilisée par elle.
Une troisième tension concerne l'éthique. L'éloge de Démocrite pour la gaieté et la modération a l'air de sagesse mondaine, mais il peut sembler mince à côté de la grandeur du devoir civique ou des exigences de la vie tragique. Si tout est atomes et vide, et si la gloire humaine est un arrangement transitoire, cela trivialise-t-il la souffrance ? Le philosophe peut répondre que comprendre la nécessité libère de fausses anxiétés. Pourtant, la même réponse peut sembler être une consolation uniquement pour ceux déjà protégés de la misère politique ou matérielle profonde.
Il y a aussi une ironie biographique dans la tradition ultérieure. Démocrite en est venu à être célébré comme le philosophe qui riait de la folie, tandis qu'Héraclite a été fait le philosophe en pleurs. Le contraste est rhétoriquement irrésistible mais philosophiquement trompeur. Pourtant, il révèle une profonde objection ressentie par ses successeurs : si l'on voit le monde comme une machine de particules, le rire est-il la bonne réponse, ou simplement un masque pour le détachement ? Le rire peut sembler être de la sagesse, mais il peut aussi sembler être de l'indifférence.
Une autre source de pression vient de la médecine et de la psychologie. Si l'âme est matérielle, alors qu'est-ce qui garantit la responsabilité, la mémoire ou un caractère stable ? L'atomisme ancien pourrait suggérer que le tempérament est une question de constitution corporelle, ce qui est éclairant mais déstabilisant. La ligne entre explication et excuse devient mince. Si le vice découle de l'arrangement des atomes, comment la louange et le blâme peuvent-ils survivre ? Démocrite souhaite la culture morale, pourtant son ontologie menace de naturaliser les comportements mêmes que l'éthique cherche à juger.
Le paradoxe s'approfondit en relation avec la nécessité. Les témoignages ultérieurs dépeignent souvent Démocrite comme un penseur du déterminisme strict : tout arrive par nécessité. Si tel est le cas, alors l'univers est compréhensible mais moralement sévère. La liberté humaine devient difficile à situer, et la contingence se réduit. Le prix de l'intelligibilité peut être la perte d'ouverture. Un monde dans lequel tout découle du mouvement atomistique pourrait être scientifiquement satisfaisant et existentiellement impitoyable.
Pourtant, les objections ne sont pas unilatérales. Les réponses de Démocrite anticipent de nombreux mouvements ultérieurs en philosophie naturelle : distinguer l'apparence de la structure, inférer des entités cachées à partir des effets, traiter les qualités complexes comme émergentes plutôt que fondamentales. Ses critiques peuvent avoir raison de dire qu'il manque de téléologie, mais ce manque même fait partie de sa force. Il refuse d'expliquer le monde en projetant des buts humains en lui. Ce refus est philosophiquement coûteux, mais c'est aussi pourquoi sa théorie peut survivre à tant de changements d'époque.
À la fin de ces disputes, l'atomisme a été mis à l'épreuve. Il a été accusé de vide, d'irrévérence et de dépassement explicatif ; il a été défendu comme le seul moyen de préserver le mouvement sans contradiction. Le concours n'est plus une question d'hypothèse astucieuse mais du type de monde que l'on est prêt à habiter : ordonné par un but, ou expliqué par la matière et une nécessité semblable au hasard. La réponse à cette question décidera de l'après-vie de Démocrite.