Une philosophie aussi architecturale dans ses ambitions invite des attaques de tous côtés, et Fichte les a presque immédiatement attirées. L'objection la plus évidente est celle que ses contemporains n'ont cessé d'entendre : si le Je pose le non-Je, tout ne devient-il pas une projection ? La peur du solipsisme planait sur la réception précoce de la Wissenschaftslehre. Les défenseurs de Fichte insistent sur le fait que cela manque le point transcendantal ; les critiques répliquaient que, aussi raffinées que soient les distinctions, le langage de la positivation donne à entendre que le monde est trop dépendant du sujet. Dans le sillage des premières formulations de son système, cette dépendance ne restait pas une préoccupation abstraite. Elle devenait le test central par lequel les lecteurs mesuraient si le projet avait préservé la réalité de l'expérience ou l'avait silencieusement absorbée dans une théorie de la conscience.
Kant lui-même se tient en arrière-plan de cette querelle. Fichte admirait la critique du dogmatisme de Kant, mais il pensait que Kant laissait un dualisme inachevé entre les apparences et les choses en soi. Les critiques qui restaient plus proches de Kant soutenaient que le système de Fichte abolit trop de choses : en dissolvant la chose en soi, il risque de rendre l'expérience auto-enfermée d'une manière que la philosophie critique avait précisément tenté d'éviter. Le prix d'une fondation totale, disaient-ils, est que la réalité devient trop obéissante au système. Ce différend sur l'héritage importait parce qu'il ne s'agissait pas simplement d'une querelle familiale entre philosophes. Il touchait à la question de savoir si la philosophie critique pouvait rester une discipline des limites, ou si la réécriture de Fichte convertirait ces limites en produits du sujet même qu'elles étaient censées contenir.
Une seconde critique, et en certains sens plus profonde, concerne la circularité. Fichte veut que la Wissenschaftslehre soit auto-fondante, mais comment une philosophie peut-elle démontrer le premier principe qui rend la démonstration possible ? Si le Je est la condition de toute preuve, alors toute preuve du Je présuppose déjà ce qu'elle cherche à établir. Fichte est conscient de cette tension et essaie de rendre l'acte fondamental immédiat plutôt qu'inférentiel. Pourtant, ce mouvement lui-même semble à certains lecteurs comme un retrait de l'argument vers l'intuition intellectuelle, ou du moins vers une sorte d'auto-autorisation méthodologique difficile à contrôler. Le problème n'est pas seulement logique mais institutionnel : une philosophie qui prétend commencer par un acte de conscience demande à ses lecteurs de reconnaître cet acte sans les garanties ordinaires de la démonstration. Une fois cette garantie supprimée, le premier pas du système devient l'endroit où la confiance et le scepticisme entrent en collision de manière la plus aiguë.
Le défi de Jacobi a aiguisé ce soupçon. Pour lui, la tentative de dériver tout de la raison menaçait de se terminer soit par un régresse infini, soit par un saut au-delà de la raison que la raison ne pouvait justifier. La philosophie de Fichte a parfois été lue comme une preuve que le constructeur de systèmes introduit toujours ce qu'il prétend dériver. Cette critique est d'autant plus percutante que la Wissenschaftslehre se présente comme une science rigoureuse, et non comme une poésie visionnaire. Si le point de départ est trop opaque, toute la structure tremble. En termes de débat, la question n'était pas simplement de savoir si Fichte avait choisi le mauvais postulat ; c'était de savoir si l'ambition même de fermer le cercle de la fondation pouvait survivre à l'exposition à ses propres exigences. Un système qui promet la nécessité dès la première ligne ne peut se permettre une première ligne qui semble acquise au détriment de la nécessité.
Il y a ensuite le problème de l'entêtement du monde réel. Une philosophie peut dire que la limitation est nécessaire pour la conscience de soi, mais l'expérience de la souffrance, de la contingence et de la catastrophe historique n'est pas épuisée par cette fonction formelle. Lorsqu'une personne est pauvre, malade ou politiquement opprimée, l'affirmation selon laquelle l'obstacle est une condition de la liberté peut sembler froide à moins qu'elle ne soit accompagnée de remèdes institutionnels concrets. Le système de Fichte a des ressources pour l'éthique et le droit, pourtant les critiques ont souvent ressenti que son formalisme vide le monde d'opacité et de douleur. Ici, la critique devient presque documentaire : la texture de la vie vécue résiste à la réduction au schéma de la positivation de soi et de la limitation. Le monde n'est pas seulement un théorème de la conscience ; c'est aussi un lieu où les corps échouent, où les autorités coercissent, et où les circonstances peuvent submerger l'intention.
Un tournant surprenant dans le débat est venu des romantiques et des idéalistes post-kantiens qui admiraient Fichte tout en le dépassant. Schelling, par exemple, pensait que le point de départ centré sur le sujet de Fichte laissait encore la nature trop faiblement conçue. Si le monde n'est que ce que le Je pose comme limite, alors la nature semble réduite à un miroir pour l'activité plutôt qu'à une réalité vivante avec sa propre profondeur. Hegel, à son tour, a repris l'ambition du système tout en rejetant ce qu'il voyait comme l'opposition abstraite de Fichte entre le Je et le non-Je. Pour Hegel, la contradiction doit être pensée historiquement et socialement, et non simplement cadrée comme une relation formelle. Ce n'était pas un ajustement mineur mais une réorganisation de toute la scène philosophique. En effet, Schelling et Hegel ont chacun reconnu en Fichte à la fois une percée et une déficience : la percée de rendre l'activité centrale, et la déficience de laisser l'activité faire trop de travail explicatif trop rapidement.
Il y a aussi la critique politique, et elle est sérieuse. Le nationalisme de Fichte dans les Addresses to the German Nation peut être lu comme un noble appel à l'éducation culturelle sous domination étrangère, mais il peut aussi être interprété comme une fusion dangereuse de régénération morale et d'exclusivité nationale. Les lecteurs ultérieurs, en particulier après les catastrophes du vingtième siècle, se sont inquiétés de savoir si certains de ses termes d'auto-affirmation et de vocation collective se prêtent trop facilement à une politique d'exclusion. L'équité exige de dire que Fichte n'était pas un simple précurseur du nationalisme ultérieur, mais aussi que ses ressources rhétoriques n'étaient pas politiquement neutres. Les enjeux ici sont historiques autant qu'interprétatifs. Ce qui, à un moment donné, apparaît comme résistance, formation et éducation peut plus tard être vu comme un vocabulaire qui s'est durci en exclusion. Le même langage qui cherche à rassembler un peuple peut aussi définir qui n'appartient pas.
Une autre tension traverse sa philosophie morale. Si le soi est fondamentalement en quête et jamais complètement achevé, alors la vie morale est une tâche infinie. Cela est inspirant. Pourtant, cela risque aussi de rendre l'accomplissement pratique perpétuellement différé, sans lieu de repos stable pour l'agence. L'exigence d'un dépassement de soi sans fin peut devenir une éthique de l'agitation permanente. Ici, le coût de l'idéalisme est psychologique autant que métaphysique : le soi est appelé à être autonome, mais il n'y parvient jamais tout à fait. Cet état non résolu donne au système son énergie, mais il rend aussi la vie morale suspendue entre aspiration et épuisement. La promesse de liberté est réelle ; il en est de même pour la tension de ne jamais pouvoir traiter une forme atteinte comme finale.
Pourtant, les critiques les plus fortes ne se contentent pas de rejeter Fichte ; elles révèlent les points de pression de son accomplissement. Il avait essayé de rendre la philosophie entièrement auto-fondante, d'expliquer le monde, la norme et la liberté à partir de la structure active du Je. Les objections montrent à quel point cette tâche est difficile. Une fondation qui commence dans l'activité doit expliquer ses propres limites sans importer discrètement ce qu'elle était censée générer. Au moment où les différends se sont stabilisés au XIXe siècle, le système de Fichte avait été testé dans le feu, et ce qui restait n'était pas une victoire facile mais un ensemble de questions non résolues sur la subjectivité, la réalité et le coût de les ancrer ensemble. En ce sens, les critiques font partie de la vie historique de la Wissenschaftslehre elle-même : elles marquent le point où une tentative ambitieuse de sécuriser le premier principe de la philosophie a rencontré la résistance de la logique, de l'expérience, de la politique et de l'histoire tout à la fois.