Une fois le problème du mal énoncé, l'histoire de la philosophie de la religion devient, en partie, une histoire de réparations. Chaque défense sérieuse essaie de préserver trois affirmations à la fois : Dieu est omnipotent, Dieu est entièrement bon, et le mal existe. La difficulté est qu'aucune réparation unique ne couvre toutes les fissures. Chaque réponse aide dans un domaine tout en laissant un autre exposé.
Le système d'Augustin commence avec la création. Dans les Confessions et plus tard dans des œuvres telles que De natura boni, il insiste sur le fait que tout ce que Dieu crée est bon en tant qu'il existe. Le mal ne peut donc pas être une substance positive. C'est un défaut, une privation de l'ordre dû. Le mal moral entre par la volonté désordonnée : les créatures aiment des biens inférieurs comme s'ils étaient ultimes. Le célèbre vocabulaire latin est important ici : le mal n'est pas une essence mais une privatio boni. Cette formulation a été l'une des plus durables dans la tradition car elle permet à Dieu de rester l'auteur de l'être sans devenir l'auteur de la corruption.
Cela a deux conséquences. Premièrement, le fardeau se déplace vers la liberté. Si les créatures rationnelles peuvent se détourner du bien suprême, alors la responsabilité leur incombe. Deuxièmement, le problème du mal naturel devient plus difficile, puisque les tempêtes et les maladies ne sont pas manifestement des actes de volonté. Augustin relie le désordre dans le monde à la chute, une rupture cosmique dans laquelle la désobéissance humaine affecte la condition même de la création. Que l'on accepte cette histoire littéralement ou symboliquement, son point philosophique est clair : le mal est parasitaire, non original.
Le scolastique médiéval a donné à la question une architecture plus systématique. Thomas d'Aquin, surtout dans la Summa Theologiae, soutient que Dieu permet le mal afin de réaliser de plus grands biens, y compris l'ordre de l'univers et la manifestation de la justice et de la miséricorde. Ici, le terme clé est permissio : Dieu ne veut pas directement le mal en tant que mal, mais le permet dans un tout providentiel. D'Aquin insiste également sur le fait que la causalité de Dieu diffère de la causalité créaturelle. Cela empêche une image grossière dans laquelle l'action divine rivalise avec l'action humaine comme si elles étaient deux forces dans la même arène.
La défense du libre arbitre est devenue plus tard le descendant moderne le plus célèbre de cette tradition. Dans la lecture standard, si Dieu a créé des êtres avec une véritable liberté, alors un monde contenant la possibilité du mal moral peut être meilleur qu'un monde d'innocence mécanique. Une créature aimant librement n'est pas une marionnette. Le prix de cette dignité est le risque. Cette réponse a un immense pouvoir intuitif car elle préserve à la fois la responsabilité humaine et la bonté divine. Elle explique également pourquoi certains maux ne sont pas le résultat d'une négligence divine mais de l'agence créaturelle.
Deux exemples clarifient le propos. L'un est la catastrophe morale de la guerre : les atrocités ne sont pas imposées par des lois de la nature, mais choisies par des personnes, des institutions et des idéologies. L'autre est la cruauté ordinaire de la vie plus petite : le mensonge dit pour protéger l'orgueil, l'humiliation infligée de manière désinvolte, la cupidité qui se propage en faim. Dans de tels cas, la défense du libre arbitre dit que Dieu n'est pas l'auteur du mal ; le mal est le mauvais usage d'un bien véritable.
Mais la tradition ne s'est pas arrêtée à la liberté. Une autre ligne, associée surtout aux lectures iréniques et plus tard modernes, met l'accent sur la formation de l'âme. Le monde n'est pas un paradis achevé mais un lieu de formation. Le courage, la patience, la compassion et la miséricorde nécessitent de la résistance. Sans danger, il n'y a pas de bravoure ; sans souffrance, il n'y a pas de consolation ; sans limitation, il n'y a pas de croissance morale. Le revivalisme de cette vue par John Hick au XXe siècle est l'énoncé moderne le plus clair : une vallée de formation de l'âme plutôt qu'un jardin d'innocence sans effort.
Cette proposition a une conséquence surprenante. Le mal n'est pas simplement un obstacle au bien ; à certains égards, il devient la condition de certains types de bien. L'endurance du martyr, la compassion du guérisseur, la solidarité de la communauté après un désastre — ce ne sont pas des gains faciles. Ce sont des biens qui émergent seulement dans un monde où la vulnérabilité est réelle. La défense ne glorifie pas la douleur, mais elle nie qu'un monde sans douleur serait automatiquement un monde meilleur.
Pourtant, le système nécessite des distinctions s'il doit tenir. Il faut séparer la permission de Dieu de la causalité directe, le mal moral du mal naturel, et le point de vue fini de l'économie divine. Il faut également résister à la tentation de traiter chaque souffrance comme instrumentellement justifiée de manière que nous pouvons détecter. La tradition insiste souvent sur le fait que la providence cachée n'est pas la même que l'explication évidente.
Un autre exemple travaillé montre le système dans son étendue la plus large. Considérons une maladie tragique qui ne produit pas de vertu visible, se terminant plutôt par la peur et l'épuisement. La défense de la formation de l'âme peut sembler ici la plus faible. Mais la tradition théodique plus large dira que tous les biens ne doivent pas être localisés dans le caractère propre du souffrant. Les biens peuvent être sociaux, relationnels ou eschatologiques. Une communauté peut apprendre à prendre soin ; un monde moral peut conserver la liberté ; une vie finie peut rester inachevée jusqu'à être jugée par un horizon plus large. C'est là que la théologie, et non un simple argument, commence à faire un véritable travail.
La chose la plus frappante à propos du système est qu'il multiplie les explications sans éliminer complètement le mystère. Le monde devient intelligible par morceaux, mais jamais totalement transparent. C'est précisément ce qui invite à la critique, car plus la portée explicative est grande, plus il faut se demander ce qu'elle laisse inexpliqué.