Aucune école indienne n'a échappé à la critique, et le Samkhya a été particulièrement exposé parce que sa clarté rendait visibles ses points faibles. La première pression concerne la relation entre purusha et prakriti. Si la conscience est entièrement passive, comment peut-on dire qu'elle "voit" quoi que ce soit ? Si elle n'agit pas, ne change pas et n'entre pas en relation, alors le langage du témoignage commence à vaciller. Le Samkhya veut préserver la pure conscience de la contamination, mais le prix à payer est un compte rendu presque paradoxal de la cognition.
Une seconde tension concerne la pluralité des purushas. Le système insiste sur le fait qu'il y a de nombreux soi conscients, et non un seul. Cela aide à expliquer l'esclavage et la libération individuels, mais cela coince avec le fait que tous les purushas sont censés être semblables dans leur nature essentielle. Pourquoi multiplier les entités s'ils ne diffèrent par aucune caractéristique discernable ? Les critiques pourraient faire valoir que cela ressemble à une commodité ontologique plutôt qu'à une nécessité. L'école répond en faisant appel à l'irréductibilité de la perspective individuelle, mais la question reste un point de débat classique.
Les Naiyayikas, dont le réalisme était souvent plus explicitement logique, ont insisté sur les questions d'inférence et de causalité. Le satkaryavada du Samkhya peut sembler contredire les distinctions ordinaires entre cause et effet, et son compte rendu de l'évolution de prakriti peut apparaître comme étant motivé par une nécessité métaphysique plutôt que par un processus observé. Les défenseurs de l'école répondent que la transformation n'est intelligible que si l'effet est en quelque sorte ancré dans la cause, mais l'objection reste aiguë : le Samkhya explique-t-il le changement, ou le redécrit-il simplement dans un langage plus orné ?
Les philosophes bouddhistes ont fourni un autre type de défi. Ils ont remis en question la permanence de tout soi, qu'il s'agisse de l'âme ou du témoin. Si ce que nous appelons une personne est un flux d'événements conditionnés, alors purusha peut être un posit inutile introduit pour sauver un sens de l'identité que l'analyse devrait dissoudre. De ce point de vue, le pur témoin du Samkhya semble suspectement être un reste métaphysique, le dernier morceau laissé après que l'analyse a fait son travail. La critique bouddhiste n'est pas simplement que le Samkhya a tort, mais qu'il ne parvient pas à suivre ses propres instincts chirurgicaux assez loin.
Les traditions vedantiques ont offert un autre défi, mais dans la direction opposée. Là où le Samkhya divise, le Vedanta non dualiste tend à réunir. Si la vérité la plus profonde est Brahman, alors prakriti et purusha ne peuvent pas être des réalités finales de la manière dont le Samkhya le dit. Le monde de la multiplicité peut être apparence, dépendance ou manifestation, mais pas une dualité ultime. Ce désaccord n'est pas trivial. Il concerne la question de savoir si la libération provient de la discrimination de deux éternels ou de la réalisation de la non-dualité sous-jacente à toutes les distinctions.
Une tension concrète apparaît dans le traitement de Dieu par l'école, ou plutôt son indifférence relative à un tel concept. Le Samkhya classique est notable pour ne pas exiger de divinité créatrice. Cette absence est philosophiquement courageuse, car elle place le fardeau de l'explication uniquement sur la nature et la conscience. Pourtant, cela rend également le système vulnérable à la critique selon laquelle son cosmos manque d'un gouverneur suffisant ou d'une source d'ordre moral. Plus tard, des interprètes théistes ont parfois essayé de concilier le Samkhya avec la dévotion, mais dans sa forme classique, l'école n'a pas besoin d'une intervention divine pour rendre compte du monde ou de la libération.
Il y a aussi un problème interne de langage. Si chaque concept que nous utilisons appartient à prakriti, alors même la pensée "je suis pure conscience" surgit dans le champ même dont elle cherche à s'échapper. Le Samkhya le sait et traite la connaissance discriminative comme une modification finale qui met fin à la confusion, mais l'inquiétude demeure : un produit de la nature peut-il jamais vraiment se tenir en dehors de la nature pour la juger ? La réponse de l'école est oui, car le témoin n'est pas produit par le jugement ; le jugement ne fait que découvrir ce qui était déjà le cas. Pourtant, l'objection reste philosophiquement vivante.
Une difficulté supplémentaire provient de l'expérience vécue. Les gens ne s'expérimentent pas comme un purusha détaché observant une machine. Ils éprouvent la faim, la mémoire, l'intention, le remords et l'espoir comme des réalités unifiées. Le Samkhya peut analyser cette unité en composants, mais l'analyse n'est pas la même chose que l'adéquation phénoménologique. Le système est le plus fort lorsqu'il diagnostique la souffrance et le plus faible lorsqu'il explique l'incarnation ordinaire vécue de l'intérieur. Il peut dire beaucoup sur pourquoi le soi se méprend pour le corps ; il dit moins sur pourquoi l'erreur est si persistante et si humaine.
Le tournant surprenant est que ces objections ne diminuent pas simplement le Samkhya ; elles révèlent son ambition. Une doctrine moindre aurait été plus facile à défendre parce qu'elle aurait dit moins. Le Samkhya dit beaucoup de choses, et chaque affirmation est construite pour soutenir les autres. Enlever une pierre et l'arc se déplace. C'est pourquoi des penseurs ultérieurs pouvaient l'emprunter de manière sélective tout en résistant à son dualisme strict. Il était trop utile pour être ignoré et trop austère pour être avalé tout entier.
Ainsi, l'école se tient testée dans le feu : admirée pour sa précision, contestée pour son coût métaphysique, et pressée par des traditions qui dissolvaient soit le soi, soit unifiaient la réalité. Pourtant, l'endurance de la critique est elle-même un signe d'influence. Une philosophie qui peut être attaquée de tant de côtés est déjà devenue une partie du mobilier permanent de la pensée. La question n'est donc pas de savoir si le Samkhya a survécu inchangé, mais comment il a voyagé — à travers commentaires, associations, traductions et réinventions.