Le système d'Aquin est souvent retenu à travers quelques slogans, mais sa force réside dans la manière dont les parties s'emboîtent. Il est avant tout un métaphysicien, et tout le reste de sa pensée dépend de cette grammaire métaphysique. Le monde est composé de substances, chacune ayant une nature, et chaque nature est un principe d'opérations. Les êtres humains connaissent par abstraction à partir de l'expérience sensorielle ; l'intellect ne flotte pas libre de la chair mais fonctionne à travers des phantasmes fournis par l'imagination. C'est une image profondément anti-dualiste pour un théologien médiéval, et cela change le sens même du salut.
Une de ses distinctions les plus importantes est celle entre essence et existence. Dans les créatures, ce qu'est une chose et le fait qu'elle existe ne sont pas identiques. Un cheval peut être conçu sans affirmer qu'un cheval existe. En Dieu, en revanche, essence et existence sont identiques. Cette distinction, développée avec une patience extraordinaire, permet à Aquin d'expliquer la contingence sans réduire l'existence à un simple accident. Elle lui permet également de penser la création comme le don de l'esse, acte d'être, plutôt que comme le remaniement de matière préexistante. La création ex nihilo n'est pas un mythe de fabrication ; c'est une doctrine sur la dépendance.
De cette métaphysique découlent ses explications de la causalité et de l'ordre. Les quatre causes d'Aristote deviennent indispensables : matérielle, formelle, efficace et finale. Une statue sculptée n'est pas expliquée uniquement par ce dont elle est faite ; il faut aussi demander quelle forme elle a, qui l'a faite et dans quel but. Aquin étend ce cadre au-delà de l'art à la nature. Un gland n'est pas simplement un tas de matière ; c'est un être vivant ordonné vers le chêne. La téléologie n'est pas une décoration ajoutée mais l'intelligibilité de l'action elle-même. Même dans la nature non rationnelle, les choses se comportent comme si elles étaient dirigées vers des fins parce que leurs formes fondent des opérations caractéristiques.
Cela donne à son éthique une structure distinctement téléologique. L'action humaine est intelligible parce que la nature humaine a une fin, et la fin de la vie humaine est la béatitude. La vie morale n'est pas un ensemble d'interdictions arbitraires. C'est la formation du désir et de l'action vers l'accomplissement propre aux créatures rationnelles. Les vertus, dans l'héritage aristotélicien qu'Aquin adopte et transforme, sont des habitudes qui perfectionnent les puissances : la prudence dirige la raison pratique ; la justice ordonne les relations avec autrui ; la tempérance et la force régulent le désir et la peur. Pourtant, il ne laisse pas la moralité au niveau de l'épanouissement civique. Il ajoute les vertus théologiques de la foi, de l'espérance et de la charité, qui orientent la personne vers Dieu comme fin ultime.
Le résultat n'est ni un naturalisme nu ni un pur surnaturalisme. Aquin pense que la loi naturelle peut être connue parce que les êtres humains peuvent saisir les biens fondamentaux enracinés dans leur nature. Les préceptes de préserver la vie, de procréer et d'éduquer les descendants, de chercher la vérité et de vivre en société ne sont pas des commandements divins arbitraires mais des articulations rationnelles de ce que requiert l'épanouissement humain. Un exemple frappant apparaît dans son traitement de la loi : une loi injuste, dans la mesure où elle s'écarte de la raison et du bien commun, a moins le caractère de la loi qu'une loi juste. Ce principe résonnerait plus tard bien au-delà des écoles.
Mais le système d'Aquin n'est pas seulement éthique ; il s'étend à la politique, à l'épistémologie et à l'esprit. Il traite la loi comme une ordonnance de la raison pour le bien commun, promulguée par celui qui a soin de la communauté. Cette définition fait de la politique une extension de l'ordre rationnel plutôt qu'un simple concours de force. Cela signifie également que la législation humaine est responsable devant la loi naturelle, un fait que des théoriciens ultérieurs des droits et de la résistance exploiteront de différentes manières.
En épistémologie, son insistance sur le fait que la connaissance commence dans les sens le protège à la fois du scepticisme et des excès mystiques. Nous connaissons le monde en l'ayant rencontré, et l'intellect abstrait des formes universelles à partir de l'expérience sensible. C'est pourquoi l'ordre du monde compte tant : la fiabilité de l'esprit est liée à l'intelligibilité du monde. Un philosophe qui doute de la forme du monde peut finir par douter des pouvoirs de l'esprit également.
Sa doctrine des vertus de l'intellect est tout aussi révélatrice. La compréhension, la science, la sagesse et la prudence ne sont pas interchangeables. La prudence appartient à l'action ; la science à la connaissance démontrée ; la sagesse aux premières causes. Cette taxonomie fine montre un esprit convaincu que les distinctions ne sont pas pédantes mais libératrices. Elles empêchent la confusion entre l'explication d'un physicien, un jugement moral et une affirmation théologique.
Deux illustrations rendent le système concret. D'abord, considérons la prière. Ce n'est pas, selon l'avis d'Aquin, un moyen d'informer un Dieu ignorant. Au contraire, elle appartient à un ordre providentiel dans lequel Dieu veut non seulement des fins mais aussi des moyens. La prière compte parce qu'elle est l'une des causes par lesquelles la gouvernance divine opère. Ensuite, considérons le commerce. Le juste prix, bien qu'il ne soit pas réductible aux caprices du marché, est lié au bien commun et à l'équité dans l'échange. Aquin n'est ni un capitaliste ni un anti-capitaliste au sens moderne ; il est un théoricien essayant de placer l'échange dans un ordre moral.
Le tournant surprenant est que ce système peut être à la fois expansif et discipliné. Rien n'est laissé flottant. L'esprit, le corps, la loi, le culte, la politique et la nature s'inscrivent tous dans la même architecture. Pourtant, cette même exhaustivité invite à la résistance. Si tout peut être ordonné, qui a le droit de dire ce qu'est cet ordre ? Et que se passe-t-il lorsque l'expérience semble briser le schéma ? Le système s'étend suffisamment pour rendre ces questions inévitables.