La force de la philosophie d'Aquin est aussi la source de sa vulnérabilité : elle est si architectonique que les objections tendent à frapper aux articulations. Une ligne de critique est venue de son propre monde. En 1277, l'évêque Étienne Tempier de Paris a condamné une série de propositions associées à l'aristotélisme et, par implication, à certaines positions thomistes. La condamnation ne rejetait pas simplement Aquin, mais signalait à quel point l'accommodement entre la doctrine chrétienne et la nécessité philosophique pouvait être fragile. Si l'on revendiquait trop pour la raison naturelle ou trop pour la représentation aristotélicienne du cosmos, la liberté divine semblait contrainte.
Cette préoccupation n'est pas triviale. Le compte rendu d'Aquin sur la causalité, bien que soigneux, peut donner l'impression de rendre le monde trop régulier, trop intelligible, trop stable. Les critiques craignaient que si Dieu agit à travers des causes secondaires et si ces causes ont des natures déterminées, alors l'omnipotence divine est diminuée ou le miracle devient incompréhensible. La réponse d'Aquin est subtile : Dieu peut agir au-delà des natures créées précisément parce que ces natures ne sont pas autosuffisantes. Mais le coût est une hiérarchie métaphysique si élaborée que certains lecteurs soupçonnent qu'elle est plus élégante que crédible.
Un deuxième ensemble d'objections concerne les Cinq Voies et la théologie naturelle. Des philosophes ultérieurs, en particulier à l'époque moderne, se demanderaient si le passage de la causalité finie à un être nécessaire prouve vraiment ce qu'Aquin pense qu'il prouve. Les doutes humeux sur la causalité et les doutes kantien sur la raison spéculative changeraient plus tard le terrain. Pourtant, même avant ces critiques, on pouvait se demander si les arguments établissent le Dieu personnel de la foi chrétienne ou seulement un premier principe explicatif. Aquin est souvent plus prudent que ne le permettent ses admirateurs ou ses critiques : les preuves visent à atteindre ce qui peut être connu de Dieu à partir des effets, et non à dériver l'ensemble du credo. Néanmoins, le fossé entre une source métaphysique et le Dieu de l'adoration reste une tension vive.
Un autre point de pression est la liberté humaine. Si Dieu est la première cause de tout ce qui existe et agit, comment les choix humains peuvent-ils être véritablement libres ? Aquin insiste sur le fait que la causalité divine ne rivalise pas avec la causalité créaturelle parce que les causes opèrent à des niveaux différents. Dieu est cause de l'acte en tant qu'il existe ; la volonté humaine est cause en tant qu'elle est cet acte libre de choix. La distinction est puissante, mais certains la trouvent trop délicate pour supporter le poids moral qui lui est attribué. Si chaque acte dépend du mouvement divin, demandent les critiques, la responsabilité reste-t-elle robuste ou simplement formelle ?
Son éthique invite également à la contestation. La loi naturelle a une clarté séduisante lorsqu'elle identifie les biens fondamentaux, mais que se passe-t-il si la nature humaine est moins transparente que ne le croit Aquin ? Que se passe-t-il si les cultures façonnent le désir si profondément que les appels à un ordre universel dissimulent des hypothèses locales ? Les critiques modernes de l'éthique téléologique soulèvent souvent exactement ce point. Pourtant, la réponse charitable est qu'Aquin ne nie pas l'histoire ou la culture ; il affirme qu'en dessous d'elles, il existe des caractéristiques durables de la vie rationnelle incarnée. Le désaccord ne porte pas sur le fait que les humains sont sociaux et finis, mais sur la mesure dans laquelle la normativité morale peut être déduite de ce fait.
Il y a aussi l'accusation d'impérialisme intellectuel. En subordonnant la philosophie à la théologie, Aquin préserve-t-il vraiment la raison, ou lui permet-il simplement de fonctionner tant qu'elle arrive là où la foi a déjà décidé d'aller ? Ses défenseurs répondent qu'il accorde à la philosophie une véritable autonomie dans son propre domaine et critique même les arguments qui ne peuvent être soutenus par la raison. Mais l'asymétrie est indéniable : la révélation fixe l'horizon le plus élevé. Pour certains, c'est précisément sa vertu ; pour d'autres, c'est la limite de son ouverture.
Une tension plus subtile apparaît dans sa doctrine de l'analogie. Puisque Dieu n'est pas une créature, des mots comme bon, sage et être ne peuvent pas s'appliquer à Dieu et aux créatures dans exactement le même sens, ni dans des sens complètement différents. La solution d'Aquin est la prédication analogique : notre langage nomme une véritable ressemblance fondée sur la participation causale, mais il ne comprend pas la réalité divine. Cela évite à la fois l'univocité et la pure équivocité. Pourtant, cela laisse la théologie oscillant éternellement entre confiance et humilité. Nous parlons véritablement de Dieu, mais jamais de manière transparente. Cela peut être intellectuellement honnête, mais cela frustre le désir de clôture.
L'une des critiques les plus frappantes est venue beaucoup plus tard de penseurs qui valorisaient l'intériorité, la conscience historique ou la liberté radicale plus que l'ordre thomiste. Pour eux, le grand système peut sembler statique, plus engagé envers la structure de la nature qu'envers le drame de la décision. Mais la critique ne devrait pas être caricaturée. Aquin n'était pas aveugle à la volonté, à l'habitude, au péché ou à la grâce. Il pensait simplement que le drame se déroule au sein d'un ordre intelligible plutôt que contre un vide.
La tension la plus profonde, peut-être, est qu'Aquin veut à la fois l'universalité philosophique et la particularité chrétienne. Il croit qu'on peut raisonner de la nature à Dieu, mais que les vérités les plus élevées restent révélées dans la vie, la mort et la résurrection du Christ. Cet engagement dual rend le système fécond, mais l'expose également à une tension permanente. Il peut être lu comme un triomphe de la synthèse ou comme une trêve prudente qui peut échouer sous pression. Le feu de la critique ne le réduit pas en cendres ; il montre pourquoi la structure a perduré.