Une fois que le pragmatisme est compris comme une méthode de test des idées par leurs conséquences, le système plus large de James commence à se dessiner. Ce n'est pas une architecture rigide dans le vieux style métaphysique ; c'est un organisme flexible, une partie psychologie, une partie épistémologie, une partie philosophie morale. Son thème unificateur est que les êtres humains rencontrent la réalité de l'intérieur, à travers des habitudes d'attention, de sentiment et de choix, et que la philosophie doit respecter les conditions sous lesquelles un esprit fini vit réellement. Le système est donc moins une théorie close qu'un pluralisme discipliné.
La psychologie vient en premier. Dans The Principles of Psychology (1890), James décrit la conscience non pas comme un tas d'atomes discrets mais comme un « flux », toujours en mouvement, sélectif et relationnel. C'est l'une de ses idées durables. Une pensée n'est jamais simplement une pensée ; c'est un flux avec une frange d'associations, une transition ressentie, une tendance vers l'action. La métaphore du flux accomplit un travail important : elle résiste à l'idée que le soi est un petit objet intérieur et présente plutôt la vie mentale comme un processus continu. Deux illustrations rendent le point vivant. Une mélodie n'est pas comprise en isolant des notes mais en entendant leur succession ; et une querelle n'est pas vécue comme une liste de propositions mais comme un champ changeant d'affront, de mémoire, d'anticipation et de tension corporelle. La psychologie de James a donné aux philosophes une nouvelle façon de parler de l'expérience sans la figer.
De là découle son compte rendu du soi. Il distingue le « Je » qui sait du « Me » qui est connu, et il analyse le « Me » en dimensions matérielles, sociales et spirituelles. Le soi matériel comprend le corps, les possessions et les habitudes ; le soi social consiste en les soi que nous présentons aux autres ; le soi spirituel nomme la source intérieure de l'effort, de la préférence et de l'aspiration. Cette distinction est importante car elle empêche une réduction grossière de la personnalité à une conscience nue ou à un mécanisme physique. Une personne peut perdre son statut, ses biens ou sa réputation et pourtant rester continue dans un sens plus profond ; mais la perte est réelle car ces formes de soi sont également réelles. La théorie de James est plurielle sans être vague.
Son traitement célèbre de l'habitude étend le système à l'éthique. Les habitudes ne sont pas de simples routines ; ce sont les canaux par lesquels le caractère devient durable. Selon James, la vie morale est moins une série de nouveautés héroïques qu'une bataille sur la façon de façonner le soi par l'action répétée. Cela a une conséquence frappante : la philosophie ne concerne pas seulement ce que nous pensons, mais l'architecture de ce que nous faisons de manière répétée. Une personne qui entraîne son attention à la courage, à la générosité ou à la patience n'adopte pas simplement une règle ; elle construit un tempérament qui rendra plus tard certaines vérités accessibles et certaines tentations plus difficiles à obéir. Le tournant surprenant ici est que James traite la volonté comme une histoire incarnée, non comme un pur commandement.
C'est alors que la psychologie soutient sa métaphysique. James en vient à rejeter le type de monisme qui rend l'univers apparemment parfaitement complet depuis l'éternité. Il privilégie de plus en plus une vision pluraliste dans laquelle la réalité est encore en cours de création, et dans laquelle les relations entre les choses ne sont pas toujours préassignées par un absolu unique et englobant. Dans A Pluralistic Universe (1909), il résiste à l'impulsion de dissoudre les distinctions dans une unité totale. Le monde, selon lui, n'est pas un diagramme achevé mais une aventure inachevée. Cette vision donne du poids à la nouveauté, au hasard et à la lutte, et elle fait place à une véritable contribution humaine. Si la réalité est ouverte dans ce sens, alors nos décisions ne sont pas des gestes théâtraux à l'intérieur d'un script préécrit.
L'extension épistémologique est tout aussi importante. Les croyances ne sont pas validées par une correspondance vue de nulle part, mais par leur capacité à « fonctionner » sur le long terme de l'enquête. Ce mot ne signifie pas « produire un avantage immédiat ». Il signifie s'insérer dans le réseau mouvant de l'expérience, survivre à la correction et soutenir une articulation plus adéquate du monde. Les hypothèses scientifiques, les engagements moraux et les interprétations religieuses font tous face à ce test, bien que de différentes manières. James était particulièrement attentif à la diversité des normes à travers les domaines. Une preuve mathématique, une intervention thérapeutique et une prière ne peuvent pas être évaluées par des critères identiques, mais chacune peut être jugée par ses implications dans la vie.
Sa philosophie de la religion est l'application la plus célèbre de ce cadre. Dans The Varieties of Religious Experience (1902), James ne défend pas une doctrine ecclésiastique. Il étudie les expériences de saints, de convertis, de mystiques et de mélancoliques pour montrer que la religion doit être comprise de l'intérieur, comme un ensemble de réponses vécues à la possibilité de rédemption. Le résultat est l'une des grandes œuvres d'observation sympathique en philosophie. James ne réduit ni la religion à la pathologie ni ne lui accorde une autorité automatique. Il demande ce que l'expérience religieuse fait pour une vie : comment elle réorganise la peur, élargit la possibilité intérieure ou approfondit l'énergie morale. Deux exemples concrets dominent le livre : le soi divisé, tourmenté par la culpabilité ou le sens de l'absurde, et le soi converti, qui semble se réassembler autour d'un nouveau centre de gravité. James ne prend pas parti dans un différend théologique ; il cartographie une transformation humaine.
Même sa défense célébrée de « la volonté de croire » appartient à ce système. Ce n'est pas une licence pour la pensée illusoire. C'est un argument selon lequel, dans certains cas de la vie réelle, la preuve elle-même dépend de ce que nous sommes prêts à risquer. L'amitié, la confiance et certains engagements moraux peuvent s'effondrer si l'on attend d'eux une certitude. C'est pourquoi le pragmatisme de James n'est pas un utilitarisme superficiel. C'est une philosophie des conditions : quel genre d'être doit être un connaisseur, et quel genre de monde doit être la réalité, si la connaissance doit se produire ?
Au moment où le système est pleinement visible, son ambition est claire. James veut une philosophie qui préserve le sérieux scientifique sans renier la liberté, honore la vie religieuse sans abandonner la critique, et explique la conscience sans aplatir l'expérience. Le système s'étend à l'esprit, l'éthique, la métaphysique et la croyance. Mais cette même ampleur expose les points de pression. Si la vérité est trop étroitement liée aux conséquences, que devient l'erreur, l'illusion et le fait inconfortable ? Si le pluralisme est trop généreux, qu'est-ce qui l'empêche de se dissoudre dans un « tout est permis » ? Ces questions amènent James à ses critiques les plus féroces.