La filosofia di Peirce diventa più comprensibile quando si vede che il pragmatismo era solo la cresta visibile di un'onda molto più grande. Dietro la massima si cela una teoria dei segni, una logica dell'indagine, una metafisica della continuità e del caso, e una concezione del sé come qualcosa di né atomico né sovrano. Non offrì una singola dottrina tanto quanto una grammatica per un universo in evoluzione. Questa è una delle ragioni per cui rimane difficile: ogni parte del sistema si appoggia su ogni altra parte.
La sua semiotica, o dottrina dei segni, è centrale. Un segno, per Peirce, non è semplicemente una parola. È qualsiasi cosa che sta per qualcosa per qualcuno in qualche rispetto. Egli distingue tra icona, indice e simbolo. Un'icona significa per somiglianza: un ritratto, un diagramma, una mappa. Un indice significa per connessione fattuale: fumo per fuoco, un colpo alla porta per qualcuno all'esterno, un'impronta per un camminatore. Un simbolo significa per regola o convenzione: parole in una lingua, notazione matematica, emblemi legali. Queste distinzioni non sono semplici contabilità. Mostrano che il pensiero stesso è mediato, stratificato e pubblico. Pensare è già muoversi tra segni.
Una concreta illustrazione è una mappa meteorologica. Le sue forme colorate sono iconiche, perché le loro relazioni somigliano a schemi meteorologici; le sue frecce e coordinate sono simboliche, perché dipendono da sistemi convenzionali; la lettura barometrica in una stazione è indicativa, perché è fisicamente collegata alle condizioni atmosferiche. La mappa funziona solo perché questi diversi tipi di segno cooperano. L'insight sorprendente di Peirce era che l'indagine ha ovunque questo carattere misto. Non esiste una pura immediatezza. Anche la percezione, nel suo resoconto maturo, è intrecciata con l'interpretazione.
Questa visione semiotica si collega alla sua logica di abduzione, deduzione e induzione. L'abduzione è il salto immaginativo che propone una possibile spiegazione; la deduzione traccia ciò che seguirebbe se fosse vero; l'induzione testa quelle conseguenze rispetto all'esperienza. Peirce pensava che l'indagine scientifica progredisse non solo attraverso la prova lineare, ma attraverso questo movimento triadico. Un detective che nota impronte fangose, un medico che considera sintomi, un geologo che deduce strati antichi—tutti si impegnano in abduzione prima di arrivare alla dimostrazione. Il mondo non consegna ipotesi; le provoca.
Un altro elemento del sistema è la sua dottrina delle categorie: Prima, Seconda e Terza. La Prima nomina la qualità o la possibilità come immediatamente percepita; la Seconda nomina il fatto bruto, la resistenza, la collisione, questo che accade ora; la Terza nomina la mediazione, la legge, l'abitudine e la generalità. Queste categorie sono destinate a descrivere non solo la vita mentale ma la struttura dell'esperienza in quanto tale. Una tonalità rossa in quanto tale appartiene alla Prima; colpire una porta e sentire la sua durezza appartiene alla Seconda; una regola del traffico o una norma grammaticale appartiene alla Terza. L'idea è audace perché rende la mediazione una caratteristica ontologica fondamentale, non un semplice ripensamento.
Considera una partita a scacchi. I pezzi sono oggetti di legno, ma il loro significato dipende da regole che costituiscono un sistema di Terza. Un alfiere non è definito dal suo materiale ma dal suo ruolo in un ordine convenzionale. Eppure il gioco ha anche la Seconda: resistenza dall'avversario, la perdita improvvisa di una regina, il fatto ineluttabile che una mossa ha conseguenze. E la Prima appare nella sensazione di una combinazione abbagliante, la pura qualità di una posizione prima che venga nominata. Le categorie di Peirce gli permettono di descrivere come regole generali, fatti brutti e immediatezza qualitativa si interpenetrano.
Da qui la sua metafisica si sviluppa in una direzione che la maggior parte dei filosofi chiamerebbe insolita. Difese il sinechismo, la dottrina della continuità, contro qualsiasi filosofia che tagliasse la realtà in atomi isolati. Sostenne anche il tychismo, l'affermazione che il caso è reale alle radici della natura. Insieme fanno spazio a un universo non completamente predeterminato, uno in cui l'abitudine cresce dalla spontaneità e la legge emerge dalla tendenza. Non si trattava di una speculazione casuale. Era il modo di Peirce di dare senso all'evoluzione, alla crescita e alla apparente plasticità della natura.
L'implicazione etica ed epistemologica è sorprendente. Se la realtà è dinamica e l'indagine è fallibile, allora la certezza non è mai possesso privato. La comunità degli investigatori è importante perché la verità è ciò che sarebbe stabilito a lungo termine da un'indagine comune, non da un'intuizione isolata. A volte parla della "comunità di indagine", una frase che è diventata centrale nella filosofia pragmatista. L'ideale non è il consenso per pressione, ma la convergenza attraverso prove aperte.
Un esempio vivido del sistema in azione appare nell'strumentazione scientifica. Il microscopio non aggiunge semplicemente ingrandimento; cambia il campo dei segni attraverso cui gli oggetti diventano leggibili. Un vetrino macchiato, un segno di calibrazione, una lettura di misurazione—tutti appartengono a una rete semiotica che rende l'invisibile inferibile. L'oggettività scientifica, secondo la visione di Peirce, non è quindi l'eliminazione dei segni ma la loro coordinazione disciplinata. Questo è un pensiero sorprendentemente moderno.
Eppure il sistema si estende anche oltre la scienza. In etica, le abitudini non sono routine brutali ma modalità generali di condotta aperte a critica e revisione. In metafisica, l'universo è intelligibile perché la legalità stessa può essere una tendenza simile a un'abitudine piuttosto che un progetto statico. In teologia, Peirce a volte accenna a una cosmologia in cui ragione e crescita non sono intrusioni accidentali nella materia. L'ambito è immenso. Ormai il lettore può vedere perché Peirce fosse difficile per i suoi contemporanei: non stava costruendo una dottrina che si adattasse perfettamente a uno scaffale. Stava costruendo una filosofia il cui pieno raggio diventa visibile solo quando si chiede cosa potrebbe mai andare storto con essa.