Una volta che il cogito è stato trattato come una fondazione, la critica è diventata inevitabile. Ciò che era iniziato nel 1637 con il Discorso sul metodo e poi aveva assunto la sua forma canonica nel 1641 con le Meditazioni sulla prima filosofia non era semplicemente una linea di prosa filosofica, ma un'affermazione su dove può iniziare la certezza. Nelle Meditazioni, Cartesio pone il soggetto pensante solo di fronte al dubbio, spogliando i sensi, il corpo e il mondo esterno per raggiungere qualcosa che non può essere messo in dubbio. Il risultato è famoso perché è così austero: se anche il dubbio radicale non può cancellare il fatto di pensare, allora c'è almeno una cosa che sopravvive al naufragio. Ma proprio quella austerità ha reso l'argomento vulnerabile. Una volta preso come fondazione, ha invitato a scrutinio a ogni livello—logico, metafisico e psicologico.
La prima obiezione è familiare: la frase prova qualcosa, o esprime semplicemente un'intuizione? I critici hanno a lungo notato che il passaggio da "c'è pensiero" a "io esisto" potrebbe già presupporre il medesimo sé che si suppone di stabilire. Se l'argomento è inferenziale, sembra supporre la questione; se non è inferenziale, allora forse non è una prova nel senso stretto. Quell'ambiguità ha tenuto occupati i commentatori per secoli. La questione è importante perché Cartesio non stava offrendo un'osservazione casuale, ma una pietra angolare metodologica. Nell'architettura delle Meditazioni, il cogito appare dopo la demolizione della certezza sensoriale e prima della ricostruzione della conoscenza. Se fallisce come prova, l'intera sequenza diventa meno sicura. Le poste in gioco non sono semplicemente accademiche; riguardano se la filosofia moderna inizia davvero con una dimostrazione o solo con un atto arrestante di autocoscienza.
Una seconda critica provenne da una fonte vicina di scetticismo: la tradizione associata a Pierre Gassendi. Nelle sue obiezioni alle Meditazioni, Gassendi sollevò il timore che il "io" di Cartesio potesse essere più sottile di quanto egli permettesse. Forse tutto ciò che viene stabilito è che qualche pensiero sta avvenendo, non che un sé sostanziale, distinto dal corpo, sia stato dimostrato. Il punto è sottile ma dannoso. Il cogito può garantire l'occorrenza senza garantire l'ontologia. Può dirci che il pensiero accade, ma non ancora che tipo di cosa pensa. Questa distinzione era importante perché Cartesio stava lavorando per stabilire non solo la certezza ma anche una metafisica dualista, una che separasse la mente dalla materia. La sfida di Gassendi, quindi, colpiva una cucitura molto specifica nel progetto cartesiano: non aveva bisogno di negare il pensiero, solo di negare che il pensiero produca automaticamente un'anima metafisica.
Thomas Hobbes si mosse in una direzione correlata. Se tutto ciò che abbiamo sono atti di pensiero, perché concludere che il pensatore è una sostanza non materiale? Il materialismo di Hobbes trattava l'attività mentale come inseparabile dai processi corporei, e quindi resisteva al netto dualismo di Cartesio. La sfida non è meramente tecnica. Se il pensiero può essere spiegato come la funzione di un corpo, allora il cogito non punta più a un regno radicalmente distinto dalla materia. Diventa compatibile con un'immagine molto diversa degli esseri umani rispetto a quella intesa da Cartesio. Qui la tensione non è astratta. Cartesio scriveva in un mondo intellettuale del diciassettesimo secolo in cui la natura del corpo, del movimento e dell'anima era contestata attraverso la filosofia, la teologia e la nuova scienza. Il cogito poteva essere letto come una vittoria sullo scetticismo, ma poteva anche diventare un campo di battaglia su se la mente avesse uno status indipendente.
C'è anche una tensione interna nel più ampio progetto cartesiano. Si dice che il cogito fornisca certezza prima di qualsiasi prova di Dio, eppure Cartesio in seguito si affida a Dio per garantire l'affidabilità delle percezioni chiare e distinte. Questo ha generato la famosa accusa di circolarità: se le idee chiare e distinte sono affidabili solo perché Dio non è un ingannatore, ma l'esistenza di Dio è stabilita da idee chiare e distinte, allora la struttura sembra girare in tondo. L'accusa del "circolo cartesiano" non è stata universalmente accettata nella letteratura, ma rimane una delle pressioni più serie sul sistema. È una pressione che va al cuore del metodo. Cartesio desidera un punto di partenza indubitabile, ma desidera anche un ponte da quel punto di partenza alla matematica, alla fisica e alla metafisica. Se il ponte dipende da ciò che dovrebbe sostenere, l'intero edificio diventa più difficile da difendere.
La sfida più famosa successiva proviene da David Hume, che attaccò l'idea di un sé persistente. Quando guardiamo dentro di noi, argomentò Hume, non troviamo un ego sostanziale ma un insieme di percezioni fugaci. Quella critica non refuta direttamente il cogito, perché Cartesio ha bisogno solo dell'esistenza di un pensatore nell'atto del pensare. Ma mina qualsiasi tentazione di gonfiare quel momento in una sostanza metafisica duratura. Ciò che il cogito certifica può essere un evento passeggero piuttosto che un nucleo permanente. L'importanza della critica di Hume risiede in come restringe l'ambito di ciò che l'introspezione può onestamente fornire. Il sé, da questo punto di vista, non è una cosa scoperta nascosta sotto le apparenze; è ciò che rimane dopo che la mente è esaminata abbastanza da mostrare che non c'è affatto un oggetto interiore stabile.
Kant cambiò nuovamente il terreno. Accettò che il "io penso" deve essere in grado di accompagnare l'esperienza, ma negò che questo produca conoscenza di un'anima come cosa in sé. L'"unità trascendentale dell'appercezione" garantisce la condizione formale dell'esperienza, non una sostanza cartesiana. Qui la sorpresa è che il cogito sopravvive, ma in un registro trasformato: diventa una caratteristica strutturale della coscienza piuttosto che una scoperta metafisica sull'essere interiore. L'intervento di Kant è importante perché preserva la necessità dell'unità in prima persona negando però che l'introspezione possa fornire l'antica immagine razionalista dell'anima. L'"io" rimane indispensabile, ma non è più la sostanza trasparente e auto-fondante che la filosofia moderna iniziale aveva talvolta immaginato.
Ci sono anche sfide dalla fenomenologia e dalla successiva filosofia analitica. Alcuni filosofi sostengono che il cogito privilegia un soggetto distaccato e osservante e trascura l'incarnazione, il linguaggio e le condizioni sociali del pensiero. Altri notano che la certezza in prima persona del pensare potrebbe non sostenere l'intero programma cartesiano del fondazionalismo radicale. Possiamo essere certi di pensare senza essere in grado di ricostruire il resto della conoscenza da quel fatto da solo. Qui emerge la tensione pratica. Il cogito può funzionare magnificamente come un momento di arresto filosofico—un istante in cui il dubbio si ferma—ma un sistema di conoscenza richiede più di un punto sicuro. Ha bisogno di criteri, metodi e standard di connessione. Il cogito fornisce un inizio, ma non l'intero itinerario.
La tensione più profonda è forse questa: il cogito è più forte quando è meno ambizioso. Non appena viene fatto sopportare l'intero peso dell'epistemologia moderna, inizia a faticare. La certezza che sopravvive al dubbio può essere innegabile, ma il ponte da quella certezza a una filosofia completa è molto meno sicuro. La genialità di Cartesio risiede nella scoperta di un punto di invulnerabilità; la sua vulnerabilità risiede nel chiedere a quel punto di fare troppo. Il test finale, quindi, non è se il cogito possa sopravvivere alla critica — può — ma cosa sopravvive una volta che la critica ha fatto il suo lavoro. In questo senso, il cogito rimane storicamente decisivo non perché abbia messo fine allo scetticismo, ma perché ha reso lo scetticismo produttivo, costringendo la filosofia a definire ciò che, esattamente, può essere conosciuto quando tutto il resto è messo sotto sospetto.