Una filosofia così architettonicamente ambiziosa invita attacchi da ogni lato, e Fichte li subì quasi immediatamente. L'obiezione più ovvia è quella che i suoi contemporanei non potevano smettere di ascoltare: se l'Io pone il non-I, non diventa tutto una proiezione? La paura del solipsismo aleggiava sulla ricezione iniziale della Wissenschaftslehre. I difensori di Fichte insistono sul fatto che questo perde di vista il punto trascendentale; i critici risposero che, per quanto raffinate siano le distinzioni, il linguaggio del porre fa sembrare il mondo troppo dipendente dal soggetto. Dopo le prime formulazioni del suo sistema, quella dipendenza non rimase una preoccupazione astratta. Divenne il test centrale con cui i lettori misuravano se il progetto avesse preservato la realtà dell'esperienza o l'avesse assorbita silenziosamente in una teoria della coscienza.
Kant stesso si trova sullo sfondo di questa contesa. Fichte ammirava la critica di Kant al dogmatismo, ma pensava che Kant avesse lasciato un dualismo incompiuto tra apparenze e cose in sé. I critici che rimasero più vicini a Kant sostenevano che il sistema di Fichte abolisce troppo: dissolvendo la cosa in sé, rischia di far sembrare l'esperienza auto-contenuta in un modo che la filosofia critica aveva precisamente cercato di evitare. Il prezzo di un fondamento totale, dicevano, è che la realtà diventa troppo obbediente al sistema. Quella disputa sull'eredità era importante perché non era semplicemente una lite familiare tra filosofi. Riguardava la questione se la filosofia critica potesse rimanere una disciplina dei limiti, o se la rielaborazione di Fichte avrebbe convertito quei limiti in prodotti del soggetto stesso che erano destinati a contenere.
Una seconda critica, e in alcuni modi più profonda, riguarda la circolarità. Fichte vuole che la Wissenschaftslehre sia auto-fondante, ma come può una filosofia dimostrare il primo principio che rende possibile la dimostrazione? Se l'Io è la condizione di ogni prova, allora qualsiasi prova dell'Io presuppone già ciò che cerca di stabilire. Fichte è consapevole di questa tensione e cerca di rendere l'atto fondante immediato piuttosto che inferenziale. Tuttavia, quel movimento stesso appare ad alcuni lettori come un ritiro dall'argomento verso l'intuizione intellettuale, o almeno verso una sorta di auto-autorizzazione metodologica che è difficile da controllare. Il problema non è solo logico ma anche istituzionale: una filosofia che afferma di partire da un atto di coscienza chiede ai suoi lettori di riconoscere l'atto senza le normali garanzie di dimostrazione. Una volta rimossa quella garanzia, il primo passo del sistema diventa il luogo in cui la fiducia e lo scetticismo si scontrano più bruscamente.
La sfida di Jacobi ha acuito questo sospetto. Per lui, il tentativo di derivare tutto dalla ragione minacciava di finire o in un regresso infinito o in un salto oltre la ragione che la ragione non poteva giustificare. La filosofia di Fichte veniva talvolta letta come prova che il costruttore di sistemi introduce sempre ciò che finge di derivare. Quella critica colpisce particolarmente forte perché la Wissenschaftslehre si presenta come scienza rigorosa, non poesia visionaria. Se il punto di partenza è troppo opaco, l'intera struttura trema. Nei termini del dibattito, la questione non era semplicemente se Fichte avesse scelto il presupposto sbagliato; era se la stessa ambizione di chiudere il cerchio del fondamento potesse sopravvivere all'esposizione ai propri requisiti. Un sistema che promette necessità dalla prima riga non può permettersi una prima riga che sembri acquistata a spese della necessità.
Poi c'è il problema della testardaggine del mondo reale. Una filosofia può dire che la limitazione è necessaria per la coscienza di sé, ma l'esperienza della sofferenza, della contingenza e della catastrofe storica non è esaurita da quella funzione formale. Quando una persona è povera, malata o politicamente oppressa, l'affermazione che l'ostacolo è una condizione di libertà può sembrare fredda a meno che non sia accompagnata da rimedi istituzionali concreti. Il sistema di Fichte ha risorse per l'etica e il diritto, eppure i critici hanno spesso sentito che il suo formalismo prosciuga il mondo di opacità e dolore. Qui la critica diventa quasi documentaria: la trama della vita vissuta resiste alla riduzione allo schema dell'auto-positività e della limitazione. Il mondo non è solo un teorema della coscienza; è anche un luogo in cui i corpi falliscono, le autorità costringono e le circostanze possono sopraffare l'intenzione.
Una svolta sorprendente nel dibattito è venuta dai romantici e dagli idealisti post-kantiani che ammiravano Fichte mentre allo stesso tempo lo superavano. Schelling, per esempio, pensava che il punto di partenza centrato sul soggetto di Fichte lasciasse ancora la natura concepita in modo troppo sottile. Se il mondo è solo ciò che l'Io pone come limite, allora la natura sembra ridotta a uno specchio per l'attività piuttosto che a una realtà vivente con la propria profondità. Hegel, a sua volta, ha preso in carico l'ambizione per il sistema rifiutando ciò che vedeva come l'opposizione astratta di Fichte tra Io e non-I. Per Hegel, la contraddizione deve essere pensata storicamente e socialmente, non semplicemente inquadrata come una relazione formale. Questo non era un aggiustamento minore, ma una riorganizzazione dell'intera scena filosofica. Di fatto, Schelling e Hegel riconobbero in Fichte sia una svolta che una carenza: la svolta di rendere centrale l'attività, e la carenza di lasciare che l'attività svolgesse troppo lavoro esplicativo troppo rapidamente.
C'è anche la critica politica, ed è seria. Il nazionalismo di Fichte negli Indirizzi alla Nazione Tedesca può essere letto come un nobile appello all'educazione culturale sotto dominazione straniera, ma può anche essere letto come una pericolosa fusione di rigenerazione morale con esclusività nazionale. I lettori successivi, specialmente dopo le catastrofi del ventesimo secolo, si sono preoccupati se parte del suo linguaggio di autoaffermazione e vocazione collettiva si presti troppo facilmente a politiche escludenti. La correttezza richiede di dire che Fichte non era un semplice precursore del nazionalismo successivo, ma anche che le sue risorse retoriche non erano politicamente neutre. Le poste in gioco qui sono storiche oltre che interpretative. Ciò che in un momento appare come resistenza, formazione ed educazione può essere visto in seguito come un vocabolario che si è indurito in esclusione. Lo stesso linguaggio che cerca di radunare un popolo può anche definire chi non appartiene.
Una ulteriore tensione attraversa la sua filosofia morale. Se il sé è fondamentalmente in lotta e mai completamente compiuto, allora la vita morale è un compito infinito. Questo è ispiratore. Tuttavia, rischia anche di rendere il compimento pratico perpetuamente rinviato, senza un luogo di riposo stabile per l'agenzia. La richiesta di un incessante superamento di sé può diventare un'etica di permanente inquietudine. Qui il costo dell'idealismo è psicologico oltre che metafisico: il sé è chiamato ad essere autonomo, ma non arriva mai del tutto. Quella condizione irrisolta dà al sistema la sua energia, ma rende anche la vita morale sospesa tra aspirazione ed esaurimento. La promessa di libertà è reale; così è la tensione di non poter mai trattare alcuna forma raggiunta come finale.
Tuttavia, le critiche più forti non semplicemente respingono Fichte; rivelano i punti di pressione del suo conseguimento. Egli aveva cercato di rendere la filosofia completamente auto-fondante, di spiegare il mondo, la norma e la libertà dalla struttura attiva dell'Io. Le obiezioni mostrano quanto sia difficile quel compito. Una fondazione che inizia nell'attività deve spiegare i propri limiti senza importare silenziosamente ciò che doveva generare. Quando le dispute si stabilizzarono nel diciannovesimo secolo, il sistema di Fichte era stato messo alla prova nel fuoco, e ciò che rimaneva non era una vittoria facile ma un insieme di domande irrisolte su soggettività, realtà e il costo di fondarle insieme. In questo senso, le critiche fanno parte della vita storica della Wissenschaftslehre stessa: segnano il punto in cui un tentativo ambizioso di garantire il primo principio della filosofia incontrò la resistenza della logica, dell'esperienza, della politica e della storia tutte insieme.