Il sistema di Tommaso d'Aquino è spesso ricordato attraverso alcuni slogan, ma la sua forza risiede nel modo in cui le parti si incastrano tra loro. Egli è prima di tutto un metafisico, e tutto il resto nel suo pensiero dipende da quella grammatica metafisica. Il mondo è composto da sostanze, ognuna con una natura, e ogni natura è un principio di operazioni. Gli esseri umani conoscono per astrazione dall'esperienza sensoriale; l'intelletto non fluttua libero dal corpo, ma opera attraverso i fantasmi forniti dall'immaginazione. Questa è un'immagine profondamente anti-dualistica per un teologo medievale, e cambia il significato stesso della salvezza.
Una delle sue distinzioni più importanti è tra essenza ed esistenza. Negli esseri creati, ciò che una cosa è e che essa è non sono identici. Un cavallo può essere concepito senza affermare che esista un qualsiasi cavallo. In Dio, al contrario, essenza ed esistenza sono identiche. Questa distinzione, sviluppata con straordinaria pazienza, consente a Tommaso di spiegare la contingenza senza ridurre l'esistenza a un mero accidente. Permette anche di pensare la creazione come il conferimento di esse, atto di essere, piuttosto che come il rimescolamento di materia preesistente. La creazione ex nihilo non è un mito di fabbricazione; è una dottrina sulla dipendenza.
Da questa metafisica derivano i suoi resoconti sulla causazione e sull'ordine. Le quattro cause di Aristotele diventano indispensabili: materiale, formale, efficiente e finale. Una statua scolpita non è spiegata solo da ciò di cui è fatta; si deve anche chiedere quale forma ha, chi l'ha fatta e per quale scopo. Tommaso estende quel quadro oltre l'arte alla natura. Una ghianda non è semplicemente un ammasso di materia; è un essere vivente ordinato verso la quercia. La teleologia non è una decorazione aggiunta, ma l'intelligibilità dell'azione stessa. Anche nella natura non razionale, le cose si comportano come se fossero dirette verso fini perché le loro forme fondano operazioni caratteristiche.
Questo conferisce alla sua etica una struttura distintamente teleologica. L'azione umana è intelligibile perché la natura umana ha un fine, e il fine della vita umana è la beatitudine. La vita morale non è un insieme di divieti arbitrari. È la modellazione del desiderio e dell'azione verso il compimento proprio delle creature razionali. Le virtù, nell'eredità aristotelica che Tommaso adotta e trasforma, sono abitudini che perfezionano le potenze: la prudenza dirige la ragione pratica; la giustizia ordina le relazioni con gli altri; la temperanza e la fortezza regolano desiderio e paura. Tuttavia, non lascia la moralità al livello del fiorire civico. Aggiunge le virtù teologali della fede, della speranza e della carità, che orientano la persona verso Dio come fine ultimo.
Il risultato non è né un naturalismo spoglio né un puro soprannaturalismo. Tommaso pensa che la legge naturale possa essere conosciuta perché gli esseri umani possono afferrare i beni fondamentali radicati nella loro natura. I precetti di preservare la vita, procreare ed educare la prole, cercare la verità e vivere in società non sono comandi divini arbitrari, ma articolazioni razionali di ciò che il fiorire umano richiede. Un esempio concreto drammatico appare nel suo trattamento della legge: una legge ingiusta, nella misura in cui si allontana dalla ragione e dal bene comune, ha meno del carattere di legge rispetto a una giusta. Quel principio risuonerà poi ben oltre le scuole.
Ma il sistema di Tommaso non è solo etico; si estende alla politica, all'epistemologia e alla mente. Egli tratta la legge come un'ordinanza della ragione per il bene comune, promulgata da chi ha cura della comunità. Questa definizione rende la politica un'estensione dell'ordine razionale piuttosto che una mera contesa di forza. Significa anche che la legislazione umana è responsabile rispetto alla legge naturale, un fatto che i teorici successivi dei diritti e della resistenza esploreranno in modi diversi.
Nell'epistemologia, la sua insistenza sul fatto che la conoscenza inizia nei sensi lo protegge sia dallo scetticismo che da un'eccessiva mistica. Conosciamo il mondo incontrandolo, e l'intelletto astrae forme universali dall'esperienza sensibile. È per questo che l'ordine del mondo è così importante: l'affidabilità della mente è legata all'intelligibilità del mondo. Un filosofo che dubita della forma del mondo potrebbe finire per dubitare anche delle potenze della mente.
La sua dottrina delle virtù dell'intelletto è altrettanto rivelatrice. Comprensione, scienza, saggezza e prudenza non sono intercambiabili. La prudenza appartiene all'azione; la scienza alla conoscenza dimostrata; la saggezza alle prime cause. Questa tassonomia fine mostra una mente convinta che le distinzioni non siano pedanti ma liberatorie. Esse prevengono la confusione tra la spiegazione di un fisico, un giudizio morale e un'affermazione teologica.
Due illustrazioni rendono il sistema concreto. Prima, consideriamo la preghiera. Non è, secondo il punto di vista di Tommaso, un modo per informare un Dio ignorante. Piuttosto, appartiene a un ordine provvidenziale in cui Dio vuole non solo fini ma anche mezzi. La preghiera è importante perché è una delle cause attraverso cui l'amministrazione divina opera. Secondo, consideriamo il commercio. Il prezzo giusto, pur non essendo riducibile ai capricci del mercato, è legato al bene comune e all'equità nello scambio. Tommaso non è un capitalista o un anti-capitalista in alcun senso moderno; è un teorico che cerca di collocare lo scambio all'interno dell'ordine morale.
La sorprendente svolta è che questo sistema può essere sia espansivo che disciplinato. Nulla è lasciato fluttuante. Mente, corpo, legge, culto, politica e natura si inseriscono tutte nella stessa architettura. Tuttavia, quella stessa comprensività invita alla resistenza. Se tutto può essere ordinato, chi ha il diritto di dire quale sia l'ordine? E cosa succede quando l'esperienza sembra rompere il modello? Il sistema si estende abbastanza da rendere quelle domande inevitabili.