Une fois que la réalité est considérée comme stratifiée plutôt que plate, la philosophie doit expliquer comment les couches se rapportent les unes aux autres. Le système commence par la méthode. On ne peut pas simplement se méfier des apparences ; il faut apprendre à les discriminer. Cela implique la logique, la dialectique, l'analyse et, dans les traditions ultérieures, l'expérimentation et la formalisation. La quête de la réalité n'est donc pas mystique au sens lâche souvent associé à celle-ci ; elle est disciplinée. La question n'est pas de savoir si quelque chose apparaît, mais comment les apparences peuvent être triées en types fiables et non fiables.
La méthode de Platon est l'ascension dialectique. Dans la République, l'âme est conduite des images aux choses visibles, des choses visibles au raisonnement mathématique, et de là vers les premiers principes. La ligne divisée n'est pas seulement un diagramme de la connaissance ; c'est une théorie des gradations de la réalité. Les régions inférieures ne sont pas un pur non-être, mais elles dépendent de ce qui est supérieur. Le soleil, une autre des grandes images de Platon, représente la source qui rend la vision et la connaissance possibles. La réalité n'est donc pas simplement une liste de choses ; c'est un ordre de dépendance.
Le système s'étend à la fois à la métaphysique et à l'éthique. Si l'âme ne connaît que des objets instables, elle devient instable dans ses propres désirs. Si elle contemple ce qui est fixe et intelligible, elle acquiert une mesure. Le bien n'est pas ajouté à la réalité de l'extérieur ; il est intégré à l'ordre de l'être lui-même. C'est pourquoi Platon peut lier la santé de l'âme à la structure du monde. Savoir ce qui est le plus réel, c'est être réorienté par cela.
Aristote propose un système rival qui maintient le monde immanent. Dans la Métaphysique, il recherche l'être en tant qu'être, mais il le fait en étudiant les catégories, les causes, la substance et l'acte et la puissance. Sa distinction centrale entre potentialité et actualité permet de comprendre la réalité de manière dynamique : un gland est réel non pas parce qu'il est déjà un chêne, mais parce qu'il a la capacité ordonnée de le devenir. C'est une manière différente de classer l'être. Ce qui est le plus réel n'est pas le duplicata le plus abstrait du monde, mais la forme accomplie qui fait d'une chose ce qu'elle est.
Cela donne à Aristote la possibilité d'expliquer le changement naturel sans dévaloriser le monde de l'expérience. Une sphère en bronze n'est pas moins réelle parce qu'elle est composite ; elle est réelle précisément en tant que composite de matière et de forme. Un organisme vivant est plus pleinement réel qu'un tas de matériaux éparpillés parce qu'il organise la matière vers une fin. La conséquence surprenante est que la réalité devient téléologique : être pleinement réel est, dans de nombreux cas, actualiser une nature. Ce n'est pas une image mécanique moderne, et cela n'a jamais été censé l'être.
Ces systèmes classiques ont créé des distinctions durables. L'une est entre l'apparence et la structure sous-jacente. Une autre est entre ce qui est dépendant et ce qui est indépendant. Une autre est entre l'objet tel qu'il est expérimenté et l'objet tel qu'il est expliqué. Un exemple moderne rend le point vivant : une pièce de monnaie change de mains dans la vie quotidienne en tant que morceau d'argent, mais la chimie peut la décrire comme un alliage, et la théorie sociale peut la décrire comme partie d'un système de crédit et de confiance. Quelle description est la plus réelle ? La réponse dépend du type d'explication que l'on recherche.
Une seconde illustration vient de l'optique. L'arc-en-ciel est suffisamment réel pour être photographié, pourtant il ne se trouve pas dans le ciel comme le fait une chose. Il dépend de la position de l'observateur, de la réfraction et de la lumière. Le phénomène n'est pas faux ; il est relationnel. C'est l'une des grandes complications du concept : certaines réalités ne sont pas des substances mais des motifs, des événements ou des dépendances. Le système doit donc accommoder plus que des objets solides.
Cette complication devient encore plus importante dans la philosophie ultérieure. Descartes, après son doute méthodologique, cherche une certitude qui ne peut être mise en doute et la trouve dans le soi pensant. Le célèbre cogito ne résout pas le problème de la réalité autant qu'il le relocalise : si le monde extérieur pouvait être mis en doute, quelle sorte de réalité appartient au soi, à Dieu et à l'extension ? Le monde n'est plus simplement divisé entre apparence et vérité ; il est divisé entre ce qui peut être connu clairement et distinctement, et ce qui reste sous suspicion.
Kant change ensuite les termes de manière plus radicale. Il ne demande pas quelles choses sont réelles en elles-mêmes à la manière métaphysique ancienne, mais comment les objets de l'expérience sont constitués. L'espace, le temps et les catégories ne sont pas des choses que nous découvrons parmi le mobilier de l'univers ; ce sont des conditions sous lesquelles quoi que ce soit peut apparaître pour nous comme un objet. Le système a maintenant un tournant surprenant : ce que nous appelons la réalité-pour-nous peut être structuré par l'esprit, tandis que la chose en soi reste au-delà de la connaissance directe. La réalité n'est plus simplement cachée derrière les apparences ; une partie de sa forme est fournie par le connaisseur.
C'est la portée complète du concept lorsqu'il devient systématique. Il touche à l'ontologie, à l'explication, à la cognition, à l'éthique et aux limites de l'accès humain. La réalité n'est plus simplement une question de ce qui existe. Elle devient une carte de dépendance : ce qui est le plus fondamental, ce qui est dérivé, ce qui est construit, et ce qui doit être présupposé pour que quoi que ce soit apparaisse comme un monde.